Dipartimento di Biologia, Ecologia e Scienze della Terra - Tesi di dottorato

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Questa collezione raccoglie le Tesi di Dottorato afferenti al Dipartimento Dipartimento di Biologia, Ecologia e Scienze della Terra dell'Università della Calabria.

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Author: search.filters.author.Cerra, Maria CarmelaStart date: 2020

Search Results

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    Edible oleogels: a rheological and microstructural analysis for structured emulsions design
    (Università della Calabria, 2022-06-01) Salvino, Samuele; Cerra, Maria Carmela; Gabriele, Domenico; Lupi, Francesca Romana
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    Rheological analysis of complex interfaces and bulk behaviour of starches and pea protein
    (Università della Calabria, 2021-06-24) Paleologo, Mario Florio Oraldo; Cerra, Maria Carmela; Baldino, Noemi; De Cindio, Bruno
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    Cardiac adaptation to hypoxia: goldfish as a natural animal model
    (Università della Calabria, 2020-11-29) Leo, Serena; Cerra, Maria Carmela; Imbrogno, Sandra; Filice, Mariacristina
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    In search of genetic and epigenetic markers of human aging and longevity: a study in the Calabrian population
    (Università della Calabria, 2021-02-01) Iannone, Francesca; Cerra, Maria Carmela; Rose, Giuseppina
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    Torsin a acting as a mechanosensor modulates nuclear transport in pathophysiological conditions
    (Università della Calabria, 2020-11-25) Galli, Giulia Raffaella; Cerra, Maria Carmela; Maggiolini, Marcello
    Gli esseri umani e l’ambiente circostante comunicano anche attraverso forze meccaniche. Gli input meccanici provenienti dal mondo che ci circonda svolgono un ruolo cruciale nei processi fisiologici e nel mantenimento dell’omeostasi dell’organismo umano. D'altra parte, difetti nelle proprietà meccaniche delle cellule o alterazioni delle forze meccaniche sono coinvolti nelle cause di diverse patologie tra cui il cancro. Le cellule del nostro corpo rispondono attivamente alle forze meccaniche, traducendo tali stimoli in segnali biochimici e nella regolazione dell'espressione genica. Il nucleo, costituito da due membrane separate che controllano il trasporto delle molecole, svolge un ruolo centrale nelle vie della meccano- trasduzione. Il trasporto nucleare delle molecole è meccanicamente sensibile ed è costituito da varie proteine coinvolte nel trasferimento di forze tra il citoscheletro e l'interno del nucleo. La ricerca condotta ha riguardato il ruolo dell'ATP-ase Torsin A come potenziale meccano-sensore in grado di rispondere ai cambiamenti della rigidità del substrato e modulare la traslocazione di proteine attraverso i pori nucleari. Sono stati pertanto studiati i cambiamenti nell'accumulo nucleare di MRTFA e YAP, poiché tali fattori di trascrizione sono fortemente sensibili ai segnali meccanici e risultano coinvolti nella progressione tumorale. Gli esperimenti sono stati eseguiti piastrando le cellule su gel di poliacrilammide con rigidità variabile e modulando i livelli di espressione di Torsin A attraverso tecniche di silenziamento genico ed over-espressione. In seguito ai cambiamenti di espressione di Torsin A è stata osservata un’alterazione nella traslocazione nucleare dei fattori di trascrizione summenzionati, supportando l'ipotesi 5 che Torsin A può agire nella meccano-sensibilità per il trasporto nucleare. L’utilizzo di costrutti mutanti di Torsin A ha ulteriormente consentito di dimostrare che Torsin A è coinvolta nel trasporto nucleare. Successivamente, sono stati anche valutati cambiamenti nella posizione di Torsin A in cellule piastrate su gel a diversa rigidità. Poiché il comportamento di Torsin A è fortemente dipendente dal cofattore noto come Lull1, che permette la traslocazione di Torsin A dal reticolo plasmatico all'involucro nucleare, la posizione di Torsin A in presenza e in assenza di tale cofattore è stata dunque valutata in cellule piastrate su gel a diversa rigidità. I risultati ottenuti hanno suggerito che la posizione di Torsin A è dipendente dalla presenza del cofattore Lull1. Inoltre, è stato osservato che l'accumulo di Torsin A nell'involucro nucleare diminuisce inibendo l'attività di Importin ß, indicando dunque che Importin ß è coinvolta nella localizzazione di Torsin A. È stato infine osservato che l’accumulo perinucleare di Torsina A è inversamente associato alla polimerizzazione dell'actina. Tali risultati indicano che Torsin A è un meccano-sensore in grado di rispondere ai cambiamenti della rigidità del substrato e di modulare la traslocazione nucleare di proteine coinvolte in importanti processi biologici.
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    The effect of cholesterol on the function of eukaryotic membrane transporters for amino acids
    (Università della Calabria, 2020-11-25) Cosco, Jessica; Cerra, Maria Carmela; Indiveri, Cesare
    Amino acid transport in mammalian cells is mediated by different amino acid transporters. Amino acid flow, which is important under physiological conditions, becomes particularly relevant under pathological conditions such as in cancer cells where high demand for these nutrients is required to satisfy the uncontrolled growth and proliferation. Therefore, to guarantee a sufficient supply of nutrients a lot of amino acid transporters are highly expressed in cancer cells. In this context, the amino acid transporters hLAT1 and hASCT2 are widely studied for their role as potential targets for drug development. hASCT2 belongs to SLC1 family and assembles at the plasma membrane as a trimeric complex. Studies conducted using the recombinant protein showed that this transporter is strongly stimulated by cholesterol. The stimulation is due to an improvement of protein insertion in the phospholipid bilayer and direct interaction with the protein. In fact, cholesterol increased the Vmax of the transport, without affecting the external Km, indicating that it increases the rate of conformational changes. Thanks to docking analysis, 6 putative cholesterol binding sites were predicted, some of these matched with the electron densities identified on the cryo-EM structure of ASCT2. Two poses are on the TM6, where a CRAC and a CARC motif has been identified. Experimental demonstrated the direct binding of cholesterol to the protein. In particular, Koshland’s reagent and SH-reagents have been used for the target of tryptophan and cysteine residues close to the cholesterol poses. hLAT1 belongs to SLC7 family and it forms a heterodimer complex (HAT) with the glycoprotein 4F2hc (also known as CD98 in mice), a member of SLC3 family. hLAT1 is the sole component involved in the transport of essential amino acids, as previously demonstrated (Napolitano, Scalise et al. 2015). In this work, the influence of cholesterol has been evaluated on the recombinant protein hLAT1. Moreover, putative regulators involved in energy metabolism have been tested on the transport. The transport activity increased up 75 μg cholesterol/ mg phospholipids. Moreover, the internal substrate affinity increased in the presence of cholesterol suggesting a stabilization of the inward conformation of hLAT1. The transporter is also stimulated by ATP at physiological concentration. This effect occurs only in the presence of cholesterol and was seen also on the native protein. This finding suggested that cholesterol and ATP binding sites are close to each other. The computational analysis confirmed this hypothesis. In fact, a hydrophobic region between the TMs 1, 5 and 7 was found to be close to a hydrophilic one. Docking results for ATP suggested an electrostatic interaction of the ϒ-phosphate of ATP with Lys 204, which was confirmed by site-directed mutagenesis. This residue is conserved in the other SLC7 proteins and for a serendipity event, it has been seen that Lys204 is also important in the substrate binding and pH-sensitive. In this work, the attention was focused also on another amino acid transporter CAT2, from Solanum lycopersicum. The specific interest in tomato resides in the well-recognized role for this species in biotechnology. In fact, tomato has been used as the primary model for the study of climacteric fruit ripening. SlCAT2 belongs to APC superfamily, as LAT1, and it is involved in the transport of cationic amino acids like arginine, lysine and the non-proteogenic amino acid ornithine. The experimental data on CAT2 highlighted an asymmetric regulation by cations and osmotic pressure, in line with the localization of the transporter in vacuoles. Like the other human transporters, CAT2 is also stimulated by cholesterol. On the basis of the 3D structure of the amino acid transporter GkApcT, the homology model of SlCAT2 was built and putative substrate binding residues and cholesterol binding domains were proposed. Altogether, the described results open new perspectives for studying the response of membrane transporters to metabolic and membrane changes. Moreover the identification of hydrophobic or hydrophilic sites interacting with cholesterol or physiological effectors, respectively, could be important for applications in human pathology.
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    Effetto del bisfenolo A sulla vascolatura uterina materna e sull'unità feto-placentare
    (Università della Calabria, 2021-12-01) Barberio, Laura; Cerra, Maria Carmela; Mandalà, Maurizio